Programmet består i et alternativt utdanningsprosjekt som er tilrettelagt de reelle behovene som eksisterer hos urbefolkningen. Ivaretakelse av urfolkets språk, kultur og tradisjoner er således sentralt. Visjonen om et utdanningssystem som ivaretar lokale tradisjoner og kunnskap, samt gir kompetanse innen problemløsning i forhold til den eksisterende situasjonen, begynner nå å krystallisere seg gjennom opprettelse hundrevis av såkalte "autonome skoler". Programmet fungerer som et stimuli for konstruksjonen av en ny utdanningsmodell for de indianske landsbyene.
Organisasjoner som støtter denne utviklingen er:
Organisasjonen Enlace Civil a.c, (ble dannet i 1996 som følge av et behov for en bro mellom det zapatistiske indianske- og det sivile samfunnet. De definerer seg ikke som en tradisjonell NGO og baserer sitt arbeid på de direkte forslagene som de autonome kommunene presenterer. I samarbeid med de danske organisasjonene International Boernesolidaritet og Internationalt Forum støtter Enlace Civil opplæringen av utdanningspromotører og infrastruktur til det autonome utdanningsprosjektet i regionen Roberto Barrios. Dette er en del av det danske Operasjon
Dagsverk i Chiapas år 2001.
Cideci a.c, (Centro Integral de Capacitacion Indigena) CIDECI's Utdanningssentre fokuserer på integral teknisk opplæring av indiansk ungdom. Programmet eksisterer siden 1989 og blir ledet av Dr. Reymundo Sanchez Barraza, tidligere medlem av CONAI (Organ for fredsmekling i konflikten mellom EZLN og Regjeringen ledet av eksbiskop Samuel Ruiz.). I følge befolkningen på den indianske landbygda er CIDECI betraktet som et av de få pålitelige alternativene for uavhengig teknisk opplæring og integral utdanning for den indianske landsbysungdommen som er uten tidligere skolegang eller offisielle papirer. CIDECI består av 8 opplæringssentre fordelt på ulike kommuner med stor indiansk befolkning. Opplæring og innkorporering i programmet er gratis og aktivitetene spenner seg fra mekanikk, snekring, sveising, økologisk jordbruk, sykepleie, maskinskriving, data, søm og tekstilproduksjon, administrasjon, til bakerier. I tillegg driver senteret en rekke små jordbruksprosjekter, micro-bedrifter og klinikker i flere regioner, basert på involvering av ungdommene som er inkorporert i programmet (se vedlagte dokumenter for nærmere beskrivelse).
Kinal Antzetietic,Organisasjon fokusert på kvinnener. I tillegg til å støtte kooperativvirksomhet og tekstilproduskjonsinitiativer arbeider Kinal Antzetic med alafbetiskering. De støtter også det autonome opplæringsprosjektet i Morelia regionen gjennom opplæring av utdanningspromotører.
Schools for Chiapas, Amerikansk program ledet av antropologen Peter Brown. Programmet støtter den eneste autonome ungdomskolen som er opprettet i de indianske motstandsregionene.
FOCA a.c arbeider med alfabetisering og opplæring i ulike regioner.